Múzeum špeciálneho školstva v Levoči vzniklo transformáciou pôvodného Slepeckého múzea v Levoči, ktoré sa nachádzalo v bývalej streleckej bašte, v hradobnom opevnení mesta. Vzniklo 29. novembra 1974.
Hlavným organizátorom realizácie vzniku múzea bol vtedajší riaditeľ a tyflopéd Učňovskej školy internátnej pre mládež s chybami zraku, Michal Dzurňák (1923-1994). Zbierkový fond Slepeckého múzea tvorili najmä originály učebných pomôcok z autorskej dielne Viliama Hrabovca a ďalších pedagógov Československého štátneho ústavu pre slepcov v Levoči.
Učebné pomôcky pre nevidiacich z dielne Viliama Hrabovca: medený glóbus (1927), plastická mapa Vysokých Tatier (1936), reliéf Mariánskej hory v Levoči, sadrový odliatok Spišského hradu (1937), ale aj pomôcky zhotovené v západnej Európe – vzácne Pichtove stroje (koniec 19. stor.), súprava rysovacích potrieb, Kleinov písací stroj (1830) a iné.
Slepecké múzeum koncom 90-tych rokov 20. storočia zaniklo kvôli nevhodným, stiesneným priestorom na bašte a zlej prístupnosti, najmä pre zdravotne znevýhodnených návštevníkov.
Nástupcom sa stalo Múzeum špeciálneho školstva v Levoči, ktoré od 16. novembra 1990 až dodnes sídli v meštianskom dome na Námestí Majstra Pavla 28.
Vzniklo na podnet Spoločnosti pre špeciálnu a liečebnú výchovu v Slovenskej republike, menovite PhDr. Vladimíra Predmerského, ako historicko-dokumentačné stredisko pre špeciálnu a liečebnú pedagogiku. Pokračovateľom myšlienky bol i naďalej Michal Dzurňák.
Vedúci Múzea špeciálneho školstva v Levoči:
1989 – 1990
Michal Dzurňák
1990 – 2010
Oľga Tinajová
2011 – doteraz
Štefánia Petreková
Na rozdiel od Slepeckého múzea, ktoré bolo súčasťou SOU pre zrakovo postihnutú mládež, Múzeum špeciálneho školstva v Levoči oficiálne zriadilo Ministerstvo školstva, mládeže a telovýchovy SR. Od r. 1990-2013 múzeum zastrešovala rozpočtová organizácia Ústav informácií a prognóz školstva so sídlom v Bratislave.